Для отражения зачета встречных обязательств следует создать документ Взаимозачет задолженности: Казначейство - Взаимозачеты и списание задолженности - Взаимозачеты задолженности.
В документе Взаимозачет задолженности выбрать тип операции "Зачет встречных обязательств", указать организацию и контрагента.
В документе Взаимозачет задолженности можно нажать "Рассчитать взаимозачет", тогда данные на вкладках Отгрузки и Поступления заполнятся автоматически, их будет необходимо проверить.
Документ можно заполнить вручную.