Обработка по удалению объектов, помеченных на удаление находится в разделе "НСИ и администрирование" - "Обслуживание" - "Удаление помеченных объектов":

В открывшемся окне выберите объекты, которые необходимо удалить, и нажмите на кнопку "Удалить выбранные".

Результат удаления объектов будет представлен на экране:

Если объект используется в каких-либо документах или иных объектах базы, система предложит варианты замены данного объекта в документах, или удаления данных документов/объектов. После выбора исправления конфликтов системы, объект можно будет удалить.